在『黎之軌跡Ⅱ』當中,地下萬事屋范恩和協力者們將在卡爾瓦德各地分別行動。
遊戲中將以選擇章節的方式敘述各個部分的故事!不同章節之間除了主要成員不同外,也會隨之展開個別的故事情節。
完成選擇的章節後,將自動開始另一個章節以推進故事。
各章節中登場的角色具備不同的特性,在故事中也有可能碰上根據角色特性設計的特殊任務。如操作空洞核心AI《梅亞》駭入導力網路、運用斯溫的能力跟蹤目標等。